O Plenário do CFA, composto por 27 Conselheiros Federais Efetivos e seus respectivos Suplentes, eleitos diretamente pelos Administradores e Tecnólogos. A duração do mandato de cada Conselheiro é de 4 anos, permitida uma reeleição. A renovação do Plenário do CFA é de 1/3 e 2/3, alternadamente, a cada biênio.

O CFA adota o modelo de gestão por Câmaras que se subdivide em 7 Câmaras, cada qual com suas competências estabelecidas no Regimento Interno. São elas a Câmara de Administração e Finanças, Câmara de Fiscalização e Registro, Câmara de Formação Profissional, Câmara de Desenvolvimento Institucional,a Câmara de Relações Internacionais e Eventos,Câmara de Estudos e Projetos Estratégicos e Câmara de Gestão Pública compostas por 3 Conselheiros cada uma. Os integrantes das Câmaras são eleitos pelo Plenário, dentre os Conselheiros Efetivos, com mandatos de 2 anos. As Câmaras elegem, dentre seus integrantes, os seus Diretor e o Vice-Diretor para exercerem mandatos de 2 anos.

A estrutura organizacional do CFA é composta do Plenário, Câmaras, Diretoria, Comissões e Assembleia de Presidentes.

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